أسفرت قرعة الأدوار النهائية لدوري أبطال آسيا 2009 عن مواجهة ممثل الكرة السعودية فريق الاتحاد فريق باختاكور الاوزبكي الذي أقصى الاتفاق من دور الـ16، وسيكون الاتحاد الفائز باللقب مرتين في مواجهة الفريق الأوزبكي الذي شارك في جميع نسخ البطولة في نظامها الجديد. وتقام مباراة الذهاب بين الفريقين في طشقند يوم 24 سبتمبر على أن يستضيف الاتحاد مباراة الإياب يوم 30 سبتمبر في جدة. وفي المقابل وضعت القرعة نادي أم صلال القطري الذي تأهل لهذا الدور عبر بوابة الهلال السعودي في مواجهة سيؤول الكوري الجنوبي. .
وجاءت قرعة الأدوار النهائية لدوري أبطال آسيا 2009على النحو التالي:
- ربع النهائي:
أم صلال (قطر) مع سيؤول (كوريا الجنوبية)
كاوازاكي فرونتال (اليابان) مع ناغويا غرامبوس (اليابان)
باختاكور (أوزبكستان) مع الاتحاد (السعودية)
بونيودكور (أوزبكستان) مع بوهانغ ستيلرز (كوريا الجنوبية)
- قبل النهائي:
الفائز من ربع النهائي رقم (3) - الفائز من ربع النهائي رقم (2)
الفائز من ربع النهائي رقم (4) - الفائز من ربع النهائي رقم (1)
- النهائي (يقام في مدينة طوكيو اليابانية):
الفائز من قبل النهائي رقم (1) – الفائز من قبل النهائي رقم (2)